撰寫一篇論文可以說是取得碩士與博士學位過程中最大的挑戰。在研究所的訓練中，學生必須訓練自身進行具獨創性研究的能力與實驗技巧、分析實驗數據並批判性的閱讀相關文獻、最後將自己的研究成果寫成一篇清晰的論文。因此，每位化學所的研究生都必須選擇一位論文指導教授並加入他/她的研究團隊。指導教授的角色包括協助學生訂定論文題目、提供研究資源、以及在進行研究過程中定期追蹤學生的進度並提供專業上的建議。選擇一位個性與學生契合、並能幫助學生順利取得學位的指導教授是很重要的一個決定。以下是幾項幫助學生選擇論文指導教授的建議：
- 與教授約定面談的時間。最好在面談之前先看過各實驗室的網站，或閱讀幾篇該實驗室發表的文章，以了解該實驗室最新的研究方向。面談時可以與教授討論正在進行的課題、預期的工時以及畢業條件。
- 向實驗室裡的學生或剛畢業的學長姊詢問他們的經驗與看法，也可以藉這個機會參觀實驗室內部。
- 如果對跨領域研究有興趣，也可以考慮由兩位具不同專長的教授共同指導。但是請務必先徵求兩位教授的同意，並釐清每位指導教授的權責。
1. 本系教授收研究生，適用以下規定：
| 適用對象 |
規定內容 |
更新日期 |
| 專任教師 |
每人每年至多收碩士生4名，新進臺大化學系三年內教師每年至多收碩士生5名(三年總額12名)，僑生、外籍生及陸生等外加身份計入次一年度名額，博士生名額未限。 |
106.11.14 |
| 合聘教授 |
每人每年至多收碩士生2名 (二年總額3名)，
僑生、外籍生及陸生等外加身份計入次一年度名額，博士生1名。 |
103.12.23 |
| 講座 |
每人每年至多收碩士生3名 (二年總額5名)，
僑生、外籍生及陸生等外加身份計入次一年度名額，博士生2名。 |
103.12.23 |
(系教評會)
2. 不能選三親等內的教師擔任指導教授
3. 學生換研究室相關事宜：
- 在同一教授指導下(即修該教授之專題研究)，碩士生須至少3學期，博士生須至少4學期；更換指導教授須提出書面申請(表單F241：研究生轉換研究室申請書)，經師生三方面簽名同意後更換，專題研究則重新起計，要求亦同前。
- 碩博士生在入學第一學年轉換至當年已滿額之研究室，則轉入之學生需計入該研究室下個學年度可招收之學生總額。
4. 本校教務規章